Nach der türkischen Schulreform musste auch die Deutsche Schule Istanbul umstrukturiert werden. Die "Orta", die der deutschen Sekundarstufe I entsprechende türkische Mittelstufe der Klassen 5 bis 8, wurde den Grundschulen zugeordnet. Die verbleibenden deutschen Schüler dieser Klassen wurden in der sogenannten "Privatschule der deutschen Botschaft Ankara Zweigstelle Istanbul Sekundarstufe I" in einem eigenen Gymnasialzweig zusammengefasst. Die vorliegende Benennung hat einen formaljuristischen Hintergrund.

Anhand einer Grafik lässt sich der aktuelle Stand organisatorisch  übersichtlich darstellen.

Die in dieser Grafik nicht erkennbare Unterteilung der Lise-Stufe (Sekundarstufe II) in nicht-türkische (a) und türkische Klassen (b-f) beruht vor allem auf rechtlichen aber auch pädagogischen Bedingungen. Die Schule ist sich bewusst, dass eine solche Gliederung auf den Begegnungscharakter einer Auslandsschule wenig förderlich wirkt. Allerdings haben wir durch gemeinsame Arbeitsgemeinschaften und Projekte (Musik, Sport, Theater) immer wieder versucht die erkennbaren Nachteile auszugleichen.

Im Rahmen der Schulentwicklung wird sich eine der Projektgruppen mit diesem wichtigen Thema befassen. Ganz aktuell ist die Absicht, schon im Schuljahr 2006/2007 den Englischunterricht in gemischten deutsch-türkischen Klassen stattfinden zu lassen.

In die Sekundarstufe I haben nach türkischem Gesetz nur nicht-türkische Schüler Zutritt. Die Aufnahme ist geregelt durch eine schuleigene Ordnung.

In der Sekundarstufe II (Lise-Stufe/Alman Lisesi), die der türkischen Schulaufsicht unterliegt, haben nicht-türkische Schüler Gastschülerstatus. Alle Gastschüler der Lisestufe unterliegen schuleigenen Aufnahmebedingungen. Türkische Schüler haben nur Zutritt zur Lise-Stufe, wenn sie die türkischen Aufnahmebedingungen erfüllen.